1944 год, вторая мировая война в самом разгаре. Нацисты во главе с Гитлером пытаются придумать способ одолеть врагов. Ученые создали аппаратуру, которая откроет вход в темный потусторонний мир. При помощи Григория Распутина им это почти удается. За колдовство императрица приказала сжечь и казнить Григория. Но он выжил, и теперь служит Гитлеру. После открытия входа в Ад, американские солдаты врываются и останавливают злодеев. Проход был закрыт.

Но оттуда успел пройти детеныш непонятного существа с хвостом и рогами. Его усыновил профессор Блум, дав ему имя Хеллбой. Спустя годы немецкий командир, сбежавший при нападении, и его помощница оживляет Распутина. Хеллбой уже вырос, стал огромным. Благодаря способностям, теперь он работает в секретном отделе ФБР. Его напарником является амфибия Эйб.
Тем временем, оживший колдун призывает демона Самаэля и натравляет его на героя. Хеллбой его убивает, не зная о последствиях. Секретные агенты вместе с Блумом находят логово Самаэля. Там профессор выясняет, что Хеллбою нужно лететь в Россию. Руководство ФБР собирает команду из существ со способностями и отправляет их в Россию. Герои должны отыскать кладбищенский склеп, который приведет к древнему святилищу. Злодеи не хотят, чтобы Хеллбой вспомнил о собственном происхождении.