Джейсон Борн, суперагент с провалами в памяти, отходит от последнего дела и отчаянно пытается вспомнить свое прошлое. Пока он вместе с подругой Марией наслаждается красотами Гоа, представители его спецслужбы ЦРУ проводят очередную операцию в Берлине.
Цель операции - найти все сведения о том, кто похитил из ЦРУ 20 млн. дол. Для этого ЦРУ в лице Памелы Лэнди готовы заплатить 3 млн. дол. Тому, кто прольет им свет на случившееся. Они посылают к месту встречи своего агента и купца с 3 млн. наличными.

Однако операция оказывается сорванной. Агента ЦРУ в Берлине и того, кто должен был купить сведения о краже, убивает русский киллер Кирилл. Вдобавок он решает подставить Борна и оставляет его отпечатки на месте преступления. Затем киллер вычисляет Джейсона и направляется на Гоа, чтобы закончить историю с агентом раз и навсегда.
На Гоа киллеру удается убить подругу Борна, но сам агент все же чудом ускользает из лап смерти. Однако Кириллу кажется, что ему удалось одолеть врага, о чем он с радостью сообщает русскому олигарху Греткову, на которого работает наемник.
Борн опять оказывается втянутым в неприятности. Теперь за ним вновь охотится ЦРУ по подозрению в срыве берлинской операции. Чтобы разобраться в случившемся, Борн едет в Неаполь.